Su historia, emparentada con el despliegue del ferrocarril desde Buenos Aires a la zona del Cuyo, se remonta a fines del 1800. Fundándose formalmente el “Pacific Railway Athletic Club” el 6 de abril de 1908. Adoptando su nombre actual como “Club Atlético Ferrocarril General San Martín” luego de la nacionalización de los ferrocarriles en 1948.
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